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AlphaFold Server

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AlphaFold Server是Google DeepMind与Isomorphic Labs合作开发的生物分子结构预测网络服务，核心基于AlphaFold3模型运行

AlphaFold Server是Google DeepMind与Isomorphic Labs合作开发的生物分子结构预测网络服务，核心基于AlphaFold3模型运行。平台支持蛋白质、DNA、RNA、配体、离子等多种生物分子及复合物的结构预测，还可模拟蛋白质与核酸的化学修饰效果，输出的结构预测结果具备较高精度。该服务面向非商业用途开放，主要服务于生命科学领域研究人员、生物制药研发人员、高校相关专业师生等群体，可应用于基础生命科学研究、药物靶点筛选、分子机制探究、疾病致病机理分析等多个场景，为生物分子相关研究提供结构层面的参考依据。

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适用对象
高校生命科学专业师生(课程学习、课题研究场景)
主要功能
多分子结构预测、化学修饰模拟
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2026.06.14（136 天）
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AlphaFold Server是什么，怎么使用？

约 4 分钟

AlphaFold Server是Google DeepMind与Isomorphic Labs合作开发的生物分子结构预测网络服务，核心基于AlphaFold3模型运行。平台支持蛋白质、DNA、RNA、配体、离子等多种生物分子及复合物的结构预测，还可模拟蛋白质与核酸的化学修饰效果，输出的结构预测结果具备较高精度。该服务面向非商业用途开放，主要服务于生命科学领域研究人员、生物制药研发人员、高校相关专业师生等群体，可应用于基础生命科学研究、药物靶点筛选、分子机制探究、疾病致病机理分析等多个场景，为生物分子相关研究提供结构层面的参考依据。

主要功能

  • 多分子结构预测：用户可提交蛋白质、DNA、RNA、小分子配体、离子等单一或组合的生物分子序列信息，平台依托AlphaFold3模型完成三维结构的预测输出，支持不同类型分子复合物的整体结构解析，无需用户自行搭建复杂的本地计算环境，即可获取对应分子的空间构象参考结果。
  • 化学修饰模拟：用户在提交序列时可标注对应的蛋白质或核酸化学修饰类型，平台会将修饰信息纳入结构预测的计算流程，输出包含修饰影响的分子结构结果，帮助研究人员分析磷酸化、甲基化等常见修饰对分子构象、功能活性的作用，适配表观遗传、修饰组学等方向的研究需求。
  • 置信度评估标注：平台输出预测结构的同时，会同步生成每个氨基酸、核苷酸残基的预测置信度评分，以及不同分子区域的构象可靠性标注，用户可通过评分判断预测结果的参考价值，对高置信度区域可直接用于后续分析，低置信度区域可结合实验数据进一步验证。
  • 结果格式兼容：预测完成后，用户可下载PDB、CIF等多种标准生物分子结构格式的结果文件，这类文件可直接对接PyMOL、ChimeraX等常用分子可视化工具，也可导入分子对接、分子动力学模拟等后续分析软件，减少用户进行格式转换的操作成本。
  • 批量任务提交：用户可同时提交多个分子序列的预测任务，平台会自动进行任务队列调度，无需用户逐个提交等待结果，任务完成后会通过通知告知用户，适合需要批量解析多个同源蛋白、不同突变体分子结构的研究场景，提升批量分析的效率。
  • 非商业免费使用：所有非商业用途的用户完成身份注册验证后，即可免费使用平台的核心预测功能，无需支付模型使用或算力费用，降低了中小型研究团队、学生群体获取高精度生物分子结构预测结果的门槛，支持基础科研领域的探索需求。

怎么使用

  1. 访问AlphaFold Server官方页面，点击注册入口，使用邮箱完成账号注册并通过非商业用途身份验证，验证通过后即可登录平台使用功能。
  2. 进入预测任务提交页，按照提示输入目标生物分子的序列信息，可分别填写蛋白质、DNA、RNA序列，添加配体、离子的相关信息。
  3. 根据研究需求，选择是否添加化学修饰标注，设置对应的修饰位点与类型，确认任务信息无误后提交预测请求。
  4. 等待平台完成计算，可在个人任务中心查看任务进度，任务完成后会收到系统通知，也可随时刷新页面查看状态。
  5. 任务结束后进入结果页，查看置信度评估报告，下载对应格式的结构文件，可直接导入相关分析工具开展后续研究。

适合什么人群

  • 高校生命科学专业师生(课程学习、课题研究场景)
  • 基础医学研究人员(致病分子机制探究场景)
  • 生物制药研发人员(药物靶点结构分析场景)
  • 结构生物学研究者(分子构象验证、功能分析场景)
  • 表观遗传学研究人员(修饰对分子功能影响研究场景)
  • 合成生物学从业者(人工设计分子结构验证场景)

总结

这款由DeepMind与Isomorphic Labs联合推出的生物分子预测服务，是AlphaFold系列模型面向科研用户开放的线上使用入口，和需要本地部署的开源版本不同，它无需用户配置高性能计算设备，直接通过网页端提交序列即可获取预测结果。相较于前代模型仅支持蛋白质结构预测的限制，基于AlphaFold3的版本覆盖了核酸、配体等更多类型的生物分子，还加入了化学修饰模拟能力，填补了此前相关预测工具在复合物、修饰分子结构解析上的功能空白。平台对非商业用途免费开放的模式，也让更多缺乏算力支持的研究团队能够使用到高精度的结构预测服务，不管是做基础的蛋白质功能研究，还是开展药物靶点筛选相关的前期工作，都能从该平台的预测结果中获取参考。不过需要注意的是，它的预测结果仅作为研究参考，最终的分子结构还是需要通过冷冻电镜、X射线晶体衍射等实验方法验证，不能完全替代实验验证环节。

价格与免费额度

AlphaFold Server针对非商业用途的用户提供免费使用权限，免费版无功能使用次数的公开限制，支持所有核心的分子预测与修饰模拟功能，满足基础科研的常规使用需求。商业用途的使用需要单独向开发团队提交申请，具体定价会根据使用场景、使用规模、用途方向等因素单独评估，没有公开的统一报价。建议个人研究者、非盈利科研机构的非商业项目直接使用免费版即可，商业类企业如需使用该服务，可提前通过官方渠道联系团队咨询授权与定价相关事宜。

优点与不足

优点

  • 支持蛋白质、DNA、RNA、配体、离子等多类型生物分子及复合物的结构预测，覆盖的分子类型范围广
  • 内置化学修饰模拟功能，可输出包含化学修饰影响的分子结构，适配修饰相关的研究需求
  • 所有非商业用途用户可免费使用核心功能，无需承担高额的算力与模型授权成本
  • 预测结果附带残基级的置信度标注，方便用户判断结果的参考价值，匹配后续研究的验证需求
  • 结果支持PDB、CIF等标准格式导出，可直接对接主流的分子可视化与分析工具，兼容性强

不足

  • 商业用途需要单独申请授权，未开放给商业类研发场景直接使用
  • 预测任务的计算时长随分子复杂度提升而增加，大型复合物的预测可能需要数天甚至更久的等待时间
  • 仅支持序列输入，无法结合已有的部分实验结构数据进行互补预测，对已有实验片段的场景适配性不足
  • 目前没有中文操作界面，对非英语背景的用户存在一定的使用门槛

能帮你做的 7 件事

  1. 01多分子结构预测
  2. 02化学修饰模拟
  3. 03置信度评估标注
  4. 04结果格式兼容
  5. 05生物分子预测场景的常用方案
  6. 06蛋白质结构预测场景的常用方案
  7. 07高校生命科学专业师生(课程学习、课题研究场景)的日常效率工具

更新历史

  • AlphaFold Server 收录进 Toolifai 目录
  • 页面资料核验与信息更新

常见问题

AlphaFold Server的预测结果可以直接用于论文发表吗？

AlphaFold Server的预测结果可以作为研究的参考数据在论文中使用，发表时需要按照平台的引用规范标注来源，同时需要明确说明该结果为计算预测所得。需要注意的是，目前学术领域普遍要求关键的分子结构结论需要搭配实验验证结果，仅依靠预测结果无法作为结构确定的最终依据，若研究涉及核心结构结论，建议搭配冷冻电镜、X射线晶体衍射、核磁共振等实验方法获得的结构数据共同支撑结论，避免仅用预测结果作为核心论据。

有帮助吗

提交预测任务时有分子大小的限制吗？

平台目前对提交的分子总残基数有一定的限制，单任务的蛋白质、核酸残基总数通常不超过2000个，配体与离子的数量也有对应的上限，若分子规模超出限制，系统会在提交时给出提示。如果需要预测更大规模的分子复合物，建议将分子拆分为不同的功能域分别提交预测，或者申请使用本地部署的AlphaFold开源版本，搭配本地高性能计算集群完成大规模预测，避免在线版本的大小限制影响研究进度。

有帮助吗

提交的序列信息会被泄露吗？

平台会对用户提交的未公开的序列信息进行保密，非经用户许可不会对外公开，也不会用于除结构预测之外的其他用途，符合相关的科研数据隐私规范。不过如果用户提交的是已经在公共数据库公开的序列，则不受该隐私保护限制。若研究涉及尚未公开的敏感序列、未发表的研究相关分子信息，建议在提交前仔细阅读平台的隐私政策，确认数据使用规则符合自身研究的保密需求。

有帮助吗

可以同时提交多个预测任务吗？

平台支持用户同时提交多个预测任务，提交后任务会进入统一的调度队列，按照提交顺序和平台算力情况分配计算资源，用户可以在个人任务中心查看所有任务的进度。不过同一账号的同时运行任务数量有一定的限制，超出限制的任务会进入排队状态，等待前面的任务完成后再开始计算。如果有大量批量预测的需求，建议错峰提交任务，或者提前规划好任务提交的时间，避免因为排队影响研究进度。

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支持哪些类型的化学修饰模拟？

目前平台支持蛋白质的磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等常见翻译后修饰，以及DNA、RNA的甲基化、羟基化等常见核酸修饰，用户在提交序列时选择对应的修饰类型和位点即可。如果需要模拟的修饰类型不在平台支持的列表中，暂时无法直接通过在线服务完成预测，可考虑在本地部署的AlphaFold3版本中自定义修饰参数，或者结合其他修饰分析工具完成相关的研究分析。

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